Sve stare freske u Bogorodičinoj crkvi datiraju iz 1208/9. godine, iako je stari živopis slikan na tri različite pozadine: zlatnoj, žutoj i plavoj - što je najviše zbunjivalo istraživače.
Monumentalna i potresna slika Hristovog raspeća zauzima središni deo zapadnog zida. Na zvučnoj tamno plavoj pozadini, toplookerne figure Hrista i drugih učesnika uzbudljive religiozne drame, sa naglašenim ljudskim dimenzijama stradanja i bola, ostvaruju harmoniju najvećih dela evropske umetnosti XIII veka.
Studenički slikar je bio jedan od najboljih slikara svoga vremena. On je poznavao staro vizantijsko slikarstvo - rasuo je zlatne zvezde po plavoj pozadini na Raspeću, kao što su to radili stari carigradski umetnici X veka, i oni još stariji, iz VI veka. U liku Hrista naglasio je njegovu prirodu i pobedu nad smrću, a u liku majke bol je pobeđen poštovanjem prema Bogu. U tananim gradacijama između ljudskog i božanskog, otkrivali su vizantijski slikari svoja osećanja i shvatanja. U studeničkoj monumentalnoj poemi o Bogu i čoveku, ljudske osobine su prigušene u ime pobede duha nad telom.
Grobnica Stefana Nemanje (levo) i kompozicija Raspeće
Po principu naspramnog postavljanja scena koje se uzajmno dopunjuju, Raspeće Hristovo postavljeno je na zapadni zid crkve, kao pandan Evharistiji i Služenju liturgije iz apside. Studeničko Raspeće nije samo jedna u nizu jevanđelskih scena u naosu, ono je veoma razgovetno prožeto liturgijom. Radi isticanja Hristove žrtve na krstu i njenog obrazloženja u delu spasenja, slikar je osnovni jevanđeoski tekst dopunio nizom detalja preuzetih iz liturgijskih i poetskih izvora, pa je ostvario jednu složenu ikonografsku celinu, bogatu značenjima narativne i simboličke prirode. Osim Hrista na krstu, "Cara slave", kako je obeležen, Bogorodice, apostola Jovana, vojnika i žena Jerusalemskih, u scenu su uvedeni anđeli u plaču, proroci sa razvijenim svicima, personifikacije Stare i Nove crkve i zvezde na azurno plavom nebu. Mrtav Hristos na krstu, kao nova žrtva, ima evharistički smisao, jer je njegova krv prolivena na krstu temelj Crkve i zalog našeg spasenja, kako se ističe i na proskomidiji: "Iskupio si nas prečistom krvlju svojom od kletve zakonske, na krstu prikovan i kopljem proboden izlio si besmtrnost ljudima, Spasitelju naš."
U Studenici je veoma naglašen taj momenat isticanja vode i krvi iz Hristove rane, koje u sud prihvata personifikovana figura Novog zaveta, a krv pada i na Adamovu lobanju u dnu krsta, kao znak spiranja praroditeljskog greha. Hristovu žrtvu na krstu obrazlažu i starozavetni proroci u vrhu slike, a za tekstove na svicima odabrana su ona njihova proročanstva koja su ušla u bogosluženje ili su njemu prilagođena.
Na studeničkoj fresci još jedan detalj upućuje da je ovde tema smrti Hristove bila proširena aluzijom na njegovo vaskrsenje - zvezde oko Hrista slikaju se u predstavljanjima Hristovog trijumfa nad smrću, jer Hristos, "zvezda sjajnija od vidljivih zvezda", sišao je u ad "okružen nezalaznom svetlošću" i pozvao pravednike rečima: "Dođite u svetlost", pa je tako osvetlio sve ljude božanskim sjajem svoga vaskrsenja. Krst na Golgoti je nosio Hrista, "Sunce pravde", koje je uokolo razlivalo svoje zrake, pa se zato u Službi Podizanja Časnog Krsta proslavlja krst - "sjajni znak među zvezdama". Ovakvom ikonografskom obradom, a ne samo uz pomoć umetničkih i formalnih sredstava, kompozicija Raspeća u Studenici ima izuzetno mesto; iako pojedinim detaljima utemeljeno u starijoj umetnosti, ono je savršeno uključeno u liturgijski program studeničkog slikarstva i eshatološki intoniranu dekoraciju oko Nemanjinog groba u zapadnom traveju.