Подизање малих самосталних цркава у манастирима византијског света била је широко распрострањена појава. Настајале су у току целе историје манастира, а ктитори су им били различитог друштвеног положаја. Од студеничких самосталних цркава - параклиса, како се обично према грчкој речи називају, очувале су се две - Свети Никола и Свети Јоаким и Ана, као и темељи треће, која је била посвећена Светом Јовану. Најстарија је црква Светог Николе.
Црква Светог Николе
Не зна се тачно када је саграђена (вероватно почетком XIII века) ни ко је био њен ктитор. Пошто је Немања одлучио да њему и његовим потомцима гробнице буду у Студеници, цркву Светог Николе је, свакако, саградио неко од чланова породице, јер не изгледа вероватно да се у времену о коме је реч у Студеници могао појавити као ктитор неко изван њиховог породичног круга.
Добро очувана, црква Светог Николе је једнобродна грађевина, издужене правоугаоне основе, са полукружном апсидом на источној страни. Изнад наоса је саграђен подужно постављен полуобличасти свод, који ојачавају два попречна лука, а изнад олтарске апсиде је полукалота. Пошто се лукови ослањају на пиластре, може се сматрати да се наос састоји од три травеја, неједнаке дужине. У најкраћем, источном, смештен је олтарски простор.
Подужни пресек и архитектонски приказ основе цркве Светог Николе
Црква је зидана од ломљеног, притесаног камена и кречног малтера. Фасадна прочеља су равна, без каменог украса. И западна врата и три прозора - два на бочним зидовима наоса, један на апсиди - урађени су врло једноставно. На фасадама су њихови отвори уоквирени каменим гредама правоугаоног пресека. Уочљиви су и повишени калкани. Улаз у цркву је једноставан правоугаони отвор који је наглашен вратним оквиром од студеничког мермера и завршен благо наглашеном полукружном нишом заштитника храма.
Црква је покривена двосливним кровом са благо избаченим каменим венцем и покривачем од камених плоча.
Црква Светог Николе
Грађевина нема правих стилских обележја. Историчари уметности њу и њој сличне црквице на подручју старе Рашке обично помињу као црквице приморског типа, што значи у ширем смислу - романске. Од византијске архитектуре ова црква се разликује по начину зидања и по употребљеном материјалу.
Црква Светог Николе је првобитно била цела осликана, али се живопис до данас очувао само фрагментарно. Добро су сачувани делови фресака насталих у четвртој деценији XIII века. Поред оубичајеног распореда фресака у олтару, најимпресивнији је лик Јована Претече на пиластру северног зида, а Улазак у Јерусалим и Мироносице на Христовом гробу, на западном зиду, једини су остаци великих празника.